Õpilaste arvu vähenemise tõttu sattus Suure-Jaani gümnaasiumi püsimine ohtu, aga spordisuunale keskendumine on jõudsalt õpilaste arvu kasvatanud.
Praegu õpib Suure-Jaani gümnaasiumi kolmes klassis kokku 69 õpilast, nendest 27 spordisuunas. Peale selle on koolis võimalik valida sotsiaalsuund.